Quartus® II 프로그래머를 사용하여 JTAG 및 향상된 모드 직렬 플래시 로더를 사용하여 직렬 구성 장치를 간접적으로 지우는 경우 직렬 플래시가 완전히 지워지지 않을 수 있습니다. 확장 모드 직렬 플래시 로더는 Quartus II 프로그래머에서 기본적으로 선택됩니다.
JTAG 간접 구성(.jic) 파일이 Quartus II 프로그래머의 플래시 장치에 할당되면 .jic 파일의 데이터가 포함된 플래시 영역만 지워집니다. 예를 들어 EPCS64 장치에서 13.6Mbit FPGA 이미지만 포함된 파일을 사용하는 경우 하위 13.6Mbit만 지워지고 나머지 50.4Mbit는 그대로 유지됩니다.